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白色念珠菌是用来研究真菌感染的重要模式生物[44],许多研究团队开发了白色念珠菌的各种数据库与其分子生物学研究的工具[8]。2004年,多位研究者合作开发了念珠菌基因组数据库(Candida Genome Database, CGD),该数据库是由酵母菌基因组数据库修改而来,许多开发者过去也曾参与酵母菌基因组数据库的构建[45]。念珠菌基因组数据库最初提供白色念珠菌SC5314菌株的基因组信息,以全基因组霰弹枪定序法定序[46]。后来也陆续加入白色念珠菌的其他菌株与念珠菌属的其他物种[45]。
 
对白色念珠菌进行转基因后,常用的选择性标记包括CaNAT1(抗诺尔丝菌素)、MPAr 与IMH3r(抗霉酚酸)等,也有使用营养缺陷型者,例如URA3基因的产物为乳清酸核苷-5'-磷酸脱羧酶,是合成单磷酸尿苷所需的酵素,为白色念珠菌生长所必须,因此URA3营养缺陷型的突变株只有在成功克隆带有URA3的质粒后才能在不含尿嘧啶的特殊培养基中生长,URA3因而可作为转基因后的选择性标记,但许多研究显示克隆的URA3从质粒整合进染色体上的位点不同,会使其表现量不同而影响白色念珠菌的致病能力,而可能造成研究中判断克隆基因功能的困难[47],为此已有研究团队开发组氨酸(HIS1)、亮氨酸(LEU2)与精氨酸(ARG4)营养缺陷型的菌株与相应质粒,这些基因的克隆不会影响白色念珠菌的致病能力,以避免使用转基因研究特定基因对致病能力影响时,对研究结果造成干扰[48]。
 
以质粒进行转基因时,常用于酿酒酵母的质粒在白色念珠菌中多有在染色体外不稳定或基因表达效率低下的问题,有研究团队开发了适用于白色念珠菌转基因的CIp10(Candida integrating plasmid 10)质粒,以核糖体蛋白RP10[注 1]基因为整合进染色体中的同源序列,并带有用作选择性标记的URA3基因[50],因其整合进染色体的位置固定,可避免URA3表现量因整合位点不同而有异,进而影响致病能力[48]。CIp10质粒可以高效率的克隆进白色念珠菌中,并有多个研究团队对其进行微调,设计出各种衍生的质粒。