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单倍体的白色念珠菌的基因组的大小约为15Mb(双倍体约为29Mb)[29],由8条染色体对组成,二倍体中其中一组染色体分别称为chr1A、chr2A、chr3A、chr4A、chr5A、chr6A、chr7A和chrRA,另一组染色体具有相似的名称,但最后一个字为B,如chr1B、chr2B、...和chrRB。整个基因组包含6198个开放阅读框(ORF),截至2019年2月,这些ORF中仍有70%尚未被鉴定[30]。有研究使用四环素转录调控系统控制白色念珠菌各个基因的表现,建构了一个GRACE(基因置换和条件表达)数据库,研究白色念珠菌基因组中各基因对其生长的必要性,结果显示其中有567个基因是其生长所必须的[31][32]。研究白色念珠菌最常用的菌株是WO-1和SC5314菌株,WO-1菌株可高频率地在白色型(white)与混浊型(opaque)之间互相转换,而SC5314菌株是用作基因组参考序列的菌株[33]。白色念珠菌两种常用菌株的基因组已经完成全基因组定序[8],其中SC5314菌株完成于2004年[34],是较早完成测序的真菌之一。
 
白色念珠菌核基因组的一大特色是密码子CUG对应的氨基酸不像其他生物中为亮氨酸,而是丝氨酸,同属念珠菌演化支的其他物种亦有此现象[11],这种遗传密码发生例外的情形在真核生物的细胞核基因组中是相当罕见的,在原核生物中也仅出现在起始密码子[35][36][37]。此现象可能使白色念珠菌长期处在热休克反应的状态,有助于提升其对逆境的抗性[38]。有研究分析比较白色念珠菌与酿酒酵母基因中的CUG密码子,发现白色念珠菌的CUG密码子(编码丝氨酸)在酿酒酵母的同源序列中大多是对应编码丝氨酸与其他亲水氨基酸的的密码子,而酿酒酵母的CUG密码子(编码亮氨酸)在白色念珠菌的同源序列中大多是对应编码亮氨酸与其他疏水氨基酸的密码子,显示CUG密码子功能的改变并未对蛋白质的构象造成太大变化[11]。有研究将白色念珠菌识别CUG密码子的tRNA导入到酿酒酵母中表现,使其翻译时随机将部分CUG密码子辨认为对应丝氨酸,结果启动了抗逆境反应,造成酵母维持在二倍体的状态,且抑制了交配[39]。非标准的遗传密码使白色念珠菌蛋白质交互作用的研究难以在模式生物酿酒酵母中进行,对此已有研究团队开发了白色念珠菌的双杂合系统